W ramach KSeF e-Faktury generowane są w systemach przedsiębiorcy. System wymaga uwierzytelnienia oraz autoryzacji w celu wystawienia lub dostępu do e-Faktury. Istnieje możliwość nadania innemu podmiotowi uprawnień do korzystania z KSeF. System przyjmuje i udostępnia e-Faktury w określonym formacie i praktycznie w czasie rzeczywistym.
Z chwilą nadania jej unikatowego numeru KSeF, e-Faktura automatycznie udostępniana jest nabywcy. Dostęp do e-Faktur oraz możliwość nadawania uprawnień są możliwe z poziomu Aplikacji Podatnika KSeF udostępnionej przez Ministerstwo Finansów. 25 czerwca 2025 r. opublikowana została w Centralnym Repozytorium Wzorów Dokumentów Elektronicznych na ePUAP struktura logiczna e-Faktury FA(3). Od 1 lutego 2026 r. struktura logiczna FA(3) zastąpi obecnie obowiązującą strukturę logiczną FA(2). Do wszystkich faktur ustrukturyzowanych wystawianych od 1 lutego 2026 r. należy stosować
strukturę logiczną FA(3). Kluczową zmianą struktury logicznej FA(3) jest dodanie elementu „Zalacznik”, pozwalającego (po dokonaniu zgłoszenia w e-Urzędzie Skarbowym), na przesyłanie wraz z fakturą danych zawartych w załączniku. Element „Zalacznik” to część struktury logicznej FA(3). Do KSeF nie będą zaś przyjmowane załączniki w postaci osobnych plików np. pdf, jpg, xls.
W wersji obowiązkowej KSeF faktury ustrukturyzowane będą funkcjonować jako podstawowa forma dokumentowania transakcji gospodarczych. Faktury papierowe i elektroniczne pozostaną w obrocie gospodarczym tylko w wyjątkowych przypadkach (np. w trybach awaryjnych).
Faktury VAT RR dokumentujące nabycie produktów rolnych od rolników ryczałtowych nie będą objęte obowiązkiem wystawiania w KSeF. Możliwość wystawienia tych dokumentów będzie dostępna w systemie od 1 kwietnia 2026 r.
Wdrożenie KSeF zlikwiduje:
» noty korygujące – KSeF zminimalizuje ryzyko błędów; w razie błędów wystawca będzie obowiązany do korekty faktury;
» duplikaty faktur – faktury będą dostępne online w KSeF dla obu stron transakcji przez 10 lat;
» potoczne „anulowanie faktury” – wysłanie faktury do KSeF oznacza jej wystawienie. „Wycofanie” błędnie wystawionej faktury wymaga korekty. Skorygowanie faktury
„do zera” będzie dopuszczalne tylko w wyjątkowych przypadkach.
Aby wystawić e-Fakturę w KSeF, trzeba:
1. posiadać oprogramowanie finansowo-księgowe zintegrowane z KSeF lub korzystać z bezpłatnych narzędzi przygotowanych przez Ministerstwo Finansów, jak: Aplikacja Podatnika KSeF, e-mikrofirma,
Aplikacja Mobilna KSeF;
2. uwierzytelnić się w KSeF;
3. posiadać uprawnienie do wystawiania faktur;
4. przesłać plik .xml faktury;
5. otrzymać potwierdzenie wystawienia e-Faktury UPO (Urzędowe Poświadczenie
Odbioru dokumentu elektronicznego KSeF)
KSeF jest oparty na modelu poświadczeń. Poświadczenia to wymogi bezpieczeństwa, które eliminują ryzyko dostępu do faktur przez osoby nieuprawnione – także w przedsiębiorstwie podatnika.
Przed wystawieniem faktury w systemie wymagane jest uwierzytelnienie się osoby wystawiającej fakturę oraz posiadanie właściwych uprawnień. Po uwierzytelnieniu się („zalogowaniu”) podatnik korzysta z KSeF np. w zakresie przeglądania, wystawiania i otrzymywania faktur ustrukturyzowanych.
Podatnik może nadać uprawnienia w KSeF innym osobom, np. pracownikom lub księgowej bądź biuru rachunkowemu czy doradcy podatkowemu (ich uprawnienie do przeglądania faktur uprości współpracę – podatnik nie będzie musiał samodzielnie dostarczać faktur do rozliczeń).
Można się uwierzytelnić w KSeF przez:
» Profil Zaufany – darmowe narzędzie;
» Podpis Kwalifikowany NCCert zawierający atrybut NIP lub PESEL;
» Podpis Kwalifikowany bez atrybutu NIP lub PESEL;
» Pieczęć Kwalifikowaną;
» Token (docelowo token w KSeF zostanie zastąpiony Certyfikatem KSeF);
» Certyfikat KSeF.
Dodatkowo planowana jest integracja KSeF z węzłem krajowym, co umożliwi zautomatyzowanie procesu i ułatwi logowanie do KSeF.
Moduł Certyfikatów i Uprawnień w KSeF, czyli tzw. MCU, dostępny będzie od 1 listopada 2025 r. i umożliwi nadawanie uprawnień użytkownikom systemu. Będą one niezbędne, aby móc korzystać z KSeF od 1 lutego 2026 r. Moduł pozwoli również na składanie wniosków o certyfikaty i na ich pobieranie. Certyfikaty KSeF pozwolą na uwierzytelnienie się w systemie i będą niezbędne do wystawiania e-Faktur
na wypadek awarii systemu i w trybie „offline24” w okresie obligatoryjnego KSeF. Kwestie techniczne związane z wygenerowaniem oraz pobraniem certyfikatów KSeF zostały przedstawione w dokumentacji interfejsu programistycznego (API) na stronie internetowej Ministerstwa Finansów.
Od 3 listopada 2025 r. użytkownicy będą mogli rozpocząć testowanie Aplikacji Podatnika KSeF 2.0 w środowisku testowym 15 listopada 2025 r. Ministerstwo Finansów udostępni Aplikację
Podatnika w środowisku przedprodukcyjnym. Produkcyjna wersja systemu, tj. pozwalająca na wystawianie faktur w rzeczywistym obrocie gospodarczym, zostanie udostępniona 1 lutego 2026 r. Każda wystawiona faktura w środowisku produkcyjnym i przesłana do KSeF będzie dokumentem wprowadzonym do obiegu prawnego. Inaczej w przypadku wystawiania faktur w środowisku przedprodukcyjnym (demo) czy testowym – które nie wywołuje skutków prawnych.
Korzyści ze stosowania KSeF to:
» możliwość uzyskania zwrotu VAT naliczonego w krótszym terminie (40 dni zamiast standardowych 60 dni),
» brak konieczności samodzielnego przechowywania i archiwizacji większości faktur,
» brak konieczności przygotowywania duplikatów faktur – w KSeF faktura nie zaginie,
» mniejsze ryzyko popełnienia błędów przy wystawianiu faktur,
» możliwość szybkiej zautomatyzowanej wymiany faktur elektronicznych między firmami,
» możliwość automatycznego importowania danych z dokumentów zakupowych do systemu finansowo-
-księgowego,
» wprowadzenie jednolitego formatu faktury,
» brak obowiązku dostarczania do urzędu faktur, w tym w formie JPK_FA, w trakcie kontroli lub czynności sprawdzających,
» uszczelnienie systemu podatkowego przez domniemanie autentyczności pochodzenia faktury,
» nienaruszalność danych – gwarancja, że treść faktury znajdującej się w KSeF nie ulegnie zmianie.