Przepisy zdejmują obowiązki dotyczące VAT z podatników, którzy nie pełnią roli wprowadzającego produkty w opakowaniach na napoje ani roli podmiotu reprezentującego.
Dla celów VAT odstąpiono od warunku identyfikacji opakowań na każdym etapie obrotu i zrezygnowano z zasady polegającej na opodatkowaniu VAT w całym łańcuchu dostaw. Zachowując zasadę, że obciążenie ekonomiczne tym podatkiem powinno dotyczyć ostatniego w łańcuchu dostaw konsumenta, przyjęto, że w razie niezwrócenia opakowania objętego systemem kaucyjnym, obowiązanym do podwyższenia podstawy opodatkowania będzie wyłącznie wprowadzający produkty w opakowaniach na napoje. Pobrana kaucja pozostanie zaś neutralna na gruncie VAT u innych podatników biorących udział w dostawach produktów w opakowaniach na napoje objętych systemem kaucyjnym. U takich podatników, jak np. hurtownicy czy jednostki handlu detalicznego, kaucja zostanie zapłacona przy nabyciu towaru w opakowaniu, które podlega systemowi kaucyjnemu, a w momencie sprzedaży takiego towaru dalej w łańcuchu dostaw, podatnik pobierze wartość kaucji od swojego nabywcy. Zrezygnowano przy tym z obowiązku rozliczania VAT w związku z niezwróceniem opakowania przez podatników, którzy co do zasady pośredniczą w dostawach takich towarów.
Podatnikiem z tytułu rozliczenia VAT od niezwróconych opakowań lub odpadów opakowaniowych objętych systemem kaucyjnym jest wyłącznie wprowadzający produkty w opakowaniach na napoje, w związku z czym pozostali podatnicy dokonujący dostaw produktów w opakowaniach na napoje objętych systemem kaucyjnym nie dokonują rozliczenia VAT z tego tytułu.
Kaucja pobierana za opakowania objęte systemem kaucyjnym nie jest wliczana do podstawy opodatkowania, jeśli podatnik dokonał dostawy w opakowaniu objętym tym systemem, co oznacza, że pobór kaucji na każdym etapie obrotu w łańcuchu dostaw nie jest opodatkowany VAT. Ewentualne rozliczenie podatku może wystąpić wyłącznie u wprowadzającego produkty w opakowaniach na napoje, i tylko w przypadku, gdy na koniec roku kalendarzowego z prowadzonej przez niego ewidencji wynika nadwyżka produktów w opakowaniach na napoje wprowadzonych do obrotu nad liczbą opakowań lub odpadów opakowaniowych, które zostały zwrócone do systemu.
Dla udokumentowania pobranej kaucji nie wystawia się faktury VAT. W zasadzie pobranie kaucji powinno być dokumentowane notą lub innym dokumentem księgowym. Jednocześnie informacja o pobranej kaucji może być ujęta na fakturze jako element dodatkowy. Także zwrot opakowań nie wiąże się z wystawieniem faktury korygującej. U podatników dokonujących dostawy napojów w opakowaniach objętych systemem kaucyjnym np. na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej, dokumentujących te dostawy przy wykorzystaniu kas rejestrujących, pobranie kaucji bądź jej zwrot w związku ze zwrotem opakowań nie powinny być ujmowane w części fiskalnej paragonu. Informacje te mogą być zaś zawarte w niefiskalnej części paragonu. Nie ma możliwości odliczenia VAT, skoro regulacje systemu kaucyjnego nie przewidują możliwości odmowy przyjęcia zwracanego opakowania i odmowy zwrotu kaucji. W razie niezwrócenia do podmiotu reprezentującego opakowania objętego systemem kaucyjnym wprowadzający produkty w opakowaniach na napoje podwyższa podstawę opodatkowania na ostatni dzień roku o różnicę w wartości kaucji wynikającą z wprowadzonych przez niego do obrotu w danym roku opakowań objętych systemem kaucyjnym a opakowań lub odpadów opakowaniowych objętych tym systemem zwróconych do podmiotu reprezentującego w danym roku.
Jeśli dane wprowadzenie produktów w opakowaniach na napoje do obrotu nie wiąże się z naliczeniem kwoty kaucji (produkt nie trafi jeszcze do systemu, np. w razie importu lub wewnątrzwspólnotowego nabycia produktów w opakowaniach na napoje, od których pobranie kaucji nie będzie wymagane), to takie wprowadzenie nie powinno być uwzględniane dla określenia wartości kaucji wynikającej z wprowadzonych przez podatnika do obrotu w danym roku opakowań objętych systemem kaucyjnym. Dopiero gdy dojdzie do sprzedaży tych produktów w opakowaniach na napoje, należy uwzględnić wartość kaucji wynikającej z tego wprowadzenia w rozliczeniu dla potrzeb VAT. Zwrócone opakowanie, z którym wiąże się obowiązek zwrotu kaucji, pomniejszy wartość rozliczenia na potrzeby VAT także w razie braku możliwości wyodrębnienia opakowań, dla których nie pobrano wcześniej kaucji. Jeśli zaś będzie możliwość wyodrębnienia wśród opakowań zwróconych do systemu kaucyjnego tych, dla których pobranie kaucji nie było wymagane, to na potrzeby rozliczenia VAT pozostawia się takie opakowania poza systemem VAT (nie uwzględnia się ich w rocznym rozliczeniu). Weryfikacja ilości zwróconych opakowań może być dokonywana np. na podstawie raportów z centrum sortująco-liczącego, raportów z maszyny sortującej, raportów z przyjęć zewnętrznych w magazynach wprowadzających. Podmiot reprezentujący powinien dokonać tej weryfikacji do terminu, w którym jest zobowiązany do zapłaty podatku.
Zwrócone opakowania będą uwzględniane w rozliczeniu dla roku, w którym doszło do ich faktycznego zwrotu. Podmiotowi reprezentującemu przysługuje prawo własności odpadów powstałych z opakowań zebranych w ramach systemu kaucyjnego prowadzonego przez ten podmiot. Jednostki handlu detalicznego (inne punkty zbiórki odpadów opakowaniowych), do których zwrócono te odpady, nie dokonują więc na rzecz podmiotu reprezentującego sprzedaży odpadów opakowaniowych. W kontekście rozliczeń VAT opakowanie zwrócone do podmiotu reprezentującego również innego niż ten, z którym umowę zawarł wprowadzający produkty w opakowaniach na napoje, oznacza, iż doszło do faktycznego zwrotu opakowania objętego systemem kaucyjnym. Nie wystąpi więc opodatkowanie VAT dla zwróconego opakowania. Nawet jeżeli za zwrócone opakowanie konsument otrzyma (zamiast zwrotu kaucji) dokument opiewający na wartość kaucji, który może zostać wykorzystany później przy kolejnych zakupach, wartość kaucji za zwrócone opakowanie pomniejszy wartość wyliczonej w trakcie roku różnicy podlegającej opodatkowaniu VAT. Jeśli konsument nie zrealizuje prawa wynikającego z otrzymanego dokumentu, nie wpływa to na zmianę podstawy opodatkowania VAT. Wykorzystanie przez klienta dokumentu opiewającego na wartość kaucji przy kolejnych zakupach nie stanowi formy rabatu za dokonane zakupy.
Zatem sprzedający nie może pomniejszyć podstawy opodatkowania z tytułu dokonanej sprzedaży w przypadku przyjęcia dokumentu opiewającego na wartość kaucji.